Esto se debe a un problema que hubo en el registro de inicio del PC, muy probablemente afectado por un virus, que al intentar eliminarlo cambio o modifico el registro al archivo correspondiente.

Para solucionar esto tienes que poder acceder a otro sistema desde otra partición (u otro disco) y hacer lo siguiente:



Abre el Regedit (Inicio > Ejecutar > y en el cuadro de diálogo escribes "regedit" sin comillas). Posicionate (click) sobre la clave HKEY_LOCAL_MACHINE y haz un click en: Archivo > Cargar subárbol (o "File > Load hive" en inglés).
Te aparecerá un cuadro de exploración. Vamos a suponer que tu disco/partición en la que se encuentra el Windows que no arranca, es C:/
Por defecto entonces, deberías encontrar a los archivos que componen al registro de la partición/disco dañado en: C:\WINDOWS\system32\config. Obviamente que la ubicación varía dependiendo de dónde tenías instalado el Windows...
Dentro de "config" están los archivos de registro. Debes seleccionar el archivo "software".
Te aparecerá un cuadro en el que deberás colocar un nombre al subárbol que acabas de importar. Coloca cualquier nombre (que no sea uno de los que ya esté, obviamente... te recomiendo que lo coloques en minúsculas, así te es más fácil de identificar). A modo de ejemplo, lo nombraré "sowtware_mal".
Una vez que aceptes, te aparecerá este subarbol dentro de HKEY_LOCAL_MACHINE. Hacemos un click en la + a la izquierda de "software_mal" y vamos haciendo un click en las + para ir desplegando las siguientes claves: + Microsoft + Windows NT + CurrentVersion + Winlogon.
Dentro de Winlogon deberás encontrar un valor alfanumérico llamado "Userinit" que, por defecto (y nuevamente dependiendo de donde tengas instalado el Windows) deberá contener el siguiente dato: C:\WINDOWS\system32\userinit.exe, (con la coma al final y todo).
De no tener este dato, haz click con el botón derecho en "Userinit" y luego haz click en "Modificar". Completa el cuadro en blanco con ese dato (C:\WINDOWS\system32\userinit.exe,). Recuerda colocar la coma al final y recuerda que varía dependiendo de dónde tengas instalado el Windows (y me refiero al Windows en el que tienes el problema y no al que estas usando para ejecutar el Regedit).
De no tener directamente el valor "Userinit", haz un click con el botón derecho en la ventana de valores del Regedit, y selecciona "Nuevo > Valor alfanumérico". Colócale de nombre "Userinit" y modificalo con el dato mencionado (C:\WINDOWS\system32\userinit.exe,).
Para guardar los cambios realizados, posicionate sobre la clave creada ("software_mal" en mi ejemplo) y luego haz un click en "Archivo > Descargar subárbol" o "File > Unload hive" en inglés.
Reinicia el sistema y haz arrancar la partición/disco que tenía el problema. Debería funcionar ahora.

Lo que haces con esto es señalar al archivo original de inicio, cuya ruta puede haber sido reemplazada por el virus para hacer ejecutar un comando propio en el inicio, y borrado el valor completo en el intento de limpieza.
Si sigue sucediendo lo mismo, es probable que ni siquiera tengas el archivo userinit.exe. En este caso, puedes copiar el que se encuentra en la partición/disco desde el que estás haciendo la reparación.

Espero que funcione y solucione tu problema! Un saludo.